出生缺陷防控科下设张家口市新生儿疾病筛查诊治中心，张家口市产前筛查及诊断中心和激素实验室。

经省卫生厅批准，2006年月，张家口市新生儿疾病筛查诊治中心正式在市妇幼保健院挂牌成立。新生儿疾病筛查诊治属于三级预防，预防缺陷患儿进一步致残。筛查先天性甲状腺功能低下症、苯丙酮尿症、肾上腺皮质增生症、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症和新生儿多种遗传代谢性疾病。

2008年9月，市妇幼保健院产前筛查及诊断服务体系通过了省卫生厅严格的审核验收，卫生厅于2008年9月24日正式确立市妇幼保健院为张家口市唯一一所产前筛查及诊断中心。产前筛查及诊断工作属于二级预防，预防出生缺陷的发生。筛查18-三体综合征、21-三体综合征和开放性神经管畸形。对外周血和羊水细胞行染色体培养、收获、制片和染色体核型分析。做CNV（染色体拷贝数变异）检测、叶酸基因检测。

激素实验室做以下项目检测：生殖系列、肿瘤系列、优生系列、、甲功系列、人绒毛膜促性腺激素等的检测。